O Laboratório de análises microbiológicas realiza ensaios em diversas matrizes ambientais, tais como: água (consumo, recreação, rio, alimentação industrial, etc.); efluentes em geral (tratado, bruto, caixas separadoras, etc.);resíduos sólidos; Swab de superfícies, entre outros.
Neste tipo de análise há a quantificação e/ou qualificação microbiológica das amostras, por meio da identificação dos seguintes organismos: coliformes totais; coliformes termotolerantes (fecais); bactérias heterotróficas; pseudomonas aeruginosa; enterococcus sp; fungos e leveduras; endotoxina bacteriana; parasitologia; microscopia, pesquisa de material estranho; microcistinas – cianotoxinas e saxitoxinas; bacillus cereus; estafilococos aureus; salmonella; entre outros.